De acordo com o relatório, o Ministério da Agricultura foi o que apresentou a maior inconsistência, totalizando R$ 142,9 bilhões. A auditoria apontou que grande parte dessas distorções (R$ 134 bilhões) ocorreu devido a possíveis falhas contábeis no Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra), que estava sob a responsabilidade do Ministério da Agricultura durante o governo Bolsonaro.
O segundo ministério com maior irregularidade contábil foi o Ministério da Educação (MEC), com falhas no valor de R$ 17,1 bilhões. O relatório da auditoria afirmou que as demonstrações financeiras do MEC não refletem adequadamente sua situação patrimonial, resultado financeiro e fluxos de caixa. Um exemplo disso é o Fundo de Financiamento Estudantil (Fies), que apresentou valores discrepantes em relação aos dados da Caixa Econômica Federal e do Banco do Brasil. As distorções nesse caso específico chegam a R$ 782 milhões.
Além desses ministérios, a CGU identificou falhas no valor de R$ 15,9 bilhões no Ministério da Saúde, relacionadas aos controles internos de pagamento de despesas e à gestão de medicamentos e estoques. No Ministério da Cidadania, foram encontradas distorções de R$ 6,3 bilhões no programa Auxílio Brasil e no Auxílio Gás. Por fim, foram identificadas falhas contábeis no Ministério da Infraestrutura no valor de R$ 20,3 bilhões, sendo R$ 2,3 bilhões relacionados a erros nas contas envolvendo concessões de aeroportos.
